La pianta è a croce latina con un'unica grande navata intersecata dal transetto e che si prolunga con l'abside dalla forma rettangolare, molto profodo e ampi.
Questo, nella parte superiore, si incurva con costoloni eleganti che rivelano l'influsso gotico.
Quattro archi a sesto acuto delimitano il transetto mancante di un vero arco trionfale, mentre la dicromia del materiale usato accentua la corposità degli archi, staccandoli dalle superfici sovrastanti.
Il soffitto è a capriate, molto alto.
La luce piove tenue e mistica da quattro monofore ogivali, due su ognuno dei lati lunghi, dalla monofora della facciata, collocata sul protiro, da quella che si apre nell'abside e da due nel transetto.

TRANSETTO DI SINISTRA
Si evidenzia un panneggio con le armi dei principi di Taranto, segno evidente della cappella angioina in cui si celebrava la messa quotidiana, per volere di Caterina di Valois, vedova di Filippo, allorquando nel 1342 esime la Chiesa Brindisina dall'obbligo di prestare il servizio feudale per il casale di Principato. In un tardo documento (1359) il Principe Roberto fa esplicito riferimento alla cappella dinastica, alla celebrazione dei divini uffici, agli affreschi e all'arredo liturgico della Chiesa.
Un altro affresco con l'immagine di Maria datato 1366 ha una iscrizione ... GUAIACERIUS PRAECEPTOR SANCTI JOANNIS JEROSOLIMITANI..."

TRANSETTO DI DESTRA
Il restauro ancora in corso permetterà fra breve di evidenziare meglio gli affreschi e ne daremo notizia fra qualche mese. Di grande interesse è l'affresco riferibile alle STORIE DI S. CATERINA D'ALESSANDRIA, dipinte in onore dell'Imperatrice Caterina, moglie di Filippo I d'Angiò. L'iconografia rappresenta la Martire dai lineamenti del volto fini e regolari, il capo circondato dall'aureola e i capelli corti; tiene nella mano destra la palma del martirio e nella sinistra un arco di cerchio rappresentante una ruota spezzata. L'immagine della ruota richiama il supplizio del martirio. Il motivo ha avuto grande risonanza nel culto, onde la Santa è anche chiamata CATERINA DELLA RUOTA, protettrice, in Francia, dei carrai e degli artigiani che giornalmente adoperano una ruota per il loro lavoro.
L'affresco evidenzia in otto riquadri la storia di Santa Caterina. Per la DISPUTA CON I SAPIENTI, Caterina divenne patrona degli studenti di Teologia fin dal Medioevo; la sua immagine figura sul sigillo dell'Università di Parigi e le tesi di laurea presentate il giorno della sua festa ( 25 NOVEMBRE ) si chiamavano CATHERINETTES.