La Chiesa nel 1811 fu soppressa dal governo murattiano e fu usata come
"caserma per truppe di passaggio". I Francescani tornarono nel 1824 e cercarono di riparare i gravissimi danni, facilmente immaginabili.

Il 7 luglio 1866 fu decretata una nuova soppressione ma solo gli edifici passarono al Demanio e come cappellano della Chiesa rimase un cappuccino il quale se ne andò definitivamente l' 11 gennaio 1870.

Nel 1875 il complesso è stato dichiarato MONUMENTO NAZIONALE.

Nel 1910 cominciarono i primi restauri con i mezzi e i metodi dell'epoca.

Sui successivi restauri interni degli anni '60, su quelli esterni in occasione del Giubileo del 2000 e su quelli in atto e ancora da completare per la Pascqua del 2003 si rimanda alla pubblicazione sulla Chiesa di Santa Maria del Casale che l'Arcidiocesi di Brindisi - Ostuni curerà con l'UFFICO BENI CULTURALI DIOCESANI.